Das Museum der Universität Tübingen MUT wurde 2006 als Zentrale Einrichtung der Universität Tübingen gegründet. Es fungiert als Dachinstitution für die rund 70 universitären Sammlungen. Zu den Aufgaben des MUT gehört es, die wissenschaftlichen Sammlungen in verantwortungsvoller Weise zu organisieren, sie für nachfolgende Generationen zu bewahren und für Forschung, Lehre, öffentliche Bildung und Profilierung der Universität nutzbar zu machen. Das zentrale Kernanliegen der Wissenschaftskommunikation wird durch zahlreiche regionale und überregionale Kooperationen, durch Ausstellungen, öffentliche Veranstaltungen, eigene Forschungen sowie Publikationen, aber auch durch Lehrformate, wie etwa das Master-Profil „Museum & Sammlungen“, gewährleistet.
Schon früh wurde begonnen, die Lehr- und Forschungsobjekte auch der Öffentlichkeit zugänglich zu machen. So entstanden beispielsweise im Jahr 1897 die Graphische Sammlung am Kunsthistorischen Institut, 1903 die Ausstellung der Paläontologischen Sammlung - eine der größten und bedeutendsten Europas - und schließlich 1997 das Museum im Schloss Hohentübingen mit seinen teilweise einzigartigen kultur- und altertumswissenschaftlichen Schätzen, wie beispielsweise den ältesten erhaltenen Kunstwerken der Menschheit, den Elfenbeinfiguren vom Vogelherd. Neben den zahlreichen Einzelsammlungen der Universität existiert eine Vielzahl von Objekten, die nicht in den bereits inventarisierten Sammlungsbeständen auftreten und dennoch als Wissenschaftsartefakte, als materialisierte Kultur- und Forschungsgeschichte der Universität eine große Rolle spielen. Die gesamten Bestände zu sichten, zu sichern und in einer gemeinsamen Sammlungsdatenbank zu erfassen, ist eine der dringlichsten Herausforderungen des Museums.
Die im Januar 2011 vom Wissenschaftsrat herausgegebenen „Empfehlungen zu wissenschaftlichen Sammlungen als Forschungsinfrastrukturen“ (Drs. 10464-11) nehmen insbesondere die organisatorische Konstruktion des MUT zum Vorbild für andere Universitätskustodien.
Derzeit arbeiten unter der Leitung von Prof. Dr. Ernst Seidl neben den jeweiligen Fachkustoden und Mitarbeitern in einzelnen Sammlungen - etwa im Schloss Hohentübingen - fünf Wissenschaftliche Mitarbeiter, ein Wissenschaftlicher Volontär, zwei Verwaltungsangestellte und vier studentische Hilfskräfte am MUT.